Esta preciosa iglesia se encuentra a lo largo de la Via di San Giovanni, uno de los ejes principales de San Gimignano a lo largo de la Via Francigena.Tiene una magnÃfica fachada blanca.
El Ospedale dei Cavalieri di Malta, una orden de monjes ricos, tenÃa la tarea de defender el Santo Sepulcro, y se mantuvo en este lugar desde las primeras décadas del siglo XIII. Originalmente, la estructura fue dedicada a San Juan y sirvió también como un refugio para peregrinos y viajeros a lo largo de la Via Francigena.
Se transformó en un lugar de culto dedicado a San Francisco en el año 1553, cuando los monjes franciscanos trasladamos aquà después su convento fuera de la Puerta de San Juan,ya que alli habÃa sido destruido.